以下是《萬艦穿星》PC版最常見的問題彙整。請注意，除非您很有把握，否則建議不要輕易嘗試部分疑難排解步驟。若您要親自解決問題，請務必謹慎以對。
如果您在Windows 7一開啟遊戲，畫面就變成粉紅色並當機，請手動下載安裝這個更新檔：https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=36805
如果更新過程卡住，試試這個步驟： https://superuser.com/questions/951960/windows-7-sp1-windows-update-stuck-checking-for-updates/996072#996072
如果您在Win10開啟《萬艦穿星2》遇到問題，請在遊戲圖示上按一下滑鼠右鍵，點選「內容」，進入「相容性」分頁，勾選「以系統管理員身份執行」。有時候您的資料夾可能設定成唯讀，這時記得取消唯讀設定！
如果桌面的遊戲圖示只是捷徑，請在電腦上找到Steam安裝遊戲的資料夾，例如我的資料夾路徑是「E:\Steam\steamapps\common\Endless Space 2」（我的非主要磁碟分割的預設安裝資料夾），找到後選取《萬艦穿星2》的可執行檔。
還有另一個方法：前往「相容性」分頁，選擇以Windows 7相容模式執行遊戲！
如果遊戲的檔案路徑裡面含有特殊字元，畫面就會卡住。特殊字元比如英文中括號：[NORMAL] Program Files\[STEAM]\steamapps\
將遊戲重新安裝到檔案路徑不包含特殊字元的資料夾即可。
同時裝有Intel HD Graphics晶片組和獨立顯示卡的HP惠普筆電似乎最常發生這個問題：開啟遊戲、播放開頭影片之後，遊戲就會當機。
打開顯示卡的控制面板，按以下步驟操作：
- NVidia控制面板
- 按一下「管理3D設定」
- 按一下「程式設定」
- 按一下「新增」
- 選擇《萬艦穿星2》
- 選擇「新增選定的程式」
- 關閉控制面板
- 重新開啟電腦並重啟遊戲。
- Catalyst Control Center
- 前往「圖形」，選取「PowerPlay」，將「接上」和「電池」都調成「最大性能」，然後按一下「套用」。
- （部分型號）前往「圖形」，選取3D，將滑桿拉到「效能」。按一下「套用」。
- （部分型號）如果你的控制中心有「可交換圖形卡」頁面，請前往並在應用程式列表選取「EndlessSpace2.exe」，設定為「高效能」。按一下「套用」。（應用程式的預設路徑是C:\Program Files (x86)\Steam\SteamApps\common\Endless Space 2）
重新開啟電腦並重啟遊戲。